Endothelium dependent expression and underlying mechanisms of des-Arg(9)-bradykinin-induced B1R-mediated vasoconstriction in rat portal vein

Endothelial dysfunction has been implicated in portal vein obstruction, a condition responsible for major complications in chronic portal hypertension. Increased vascular tone due to disruption of endothelial function has been associated with an imbalance in the equilibrium between endothelium-derived relaxing and contracting factors. Herein, we assessed underlying mechanisms by which expression of bradykinin B-1 receptor (B1R) is induced in the endothelium and how its stimulation triggers vasoconstriction in the rat portal vein. Prolonged in vitro incubation of portal vein resulted in time- and endothelium-dependent expression of B1R and cyclooxygenase-2 (COX-2). Inhibition of protein kinase C (PKC) or phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) significantly reduced expression of B1R through the regulation of transcription factors, activator protein-1 (AP-1) and cAMP response element-binding protein (CREB). Moreover, pharmacological studies showed that B1R-mediated portal vein contraction was reduced by COX-2, but not COX-1, inhibitors. Notably, activation of endothelial B1R increased phospholipase A(2)/COX-2-derived thromboxane A(2) (TXA(2)) levels, which in turn mediated portal vein contraction through binding to TXA(2) receptors expressed in vascular smooth muscle cells. These results provide novel molecular mechanisms involved in the regulation of B1R expression and identify a critical role for the endothelial B1R in the modulation of portal vein vascular tone. Our study suggests a potential role for B1R antagonists as therapeutic tools for diseases where portal hypertension may be involved. (C) 2012 Elsevier Inc. All rights reserved.

A new portal for the analysis of human splicing variants

Understanding alternative splicing is crucial to elucidate the mechanisms behind several biological phenomena, including diseases. The huge amount of expressed sequences available nowadays represents an opportunity and a challenge to catalog and display alternative splicing events (ASEs). Although several groups have faced this challenge with relative success, we still lack a computational tool that uses a simple and straightforward method to retrieve, name and present ASEs. Here we present SPLOOCE, a portal for the analysis of human splicing variants. SPLOOCE uses a method based on regular expressions for retrieval of ASEs. We propose a simple syntax that is able to capture the complexity of ASEs.

Portal de revistas da USP

O Portal de Revistas da USP apresenta-se como uma estratégia do Sistema Integrado de Bibliotecas, por meio de seu Programa de Apoio às Publicações Científicas Periódicas, para aumentar a visibilidade e acessibilidade das revistas científicas da Universidade de São Paulo. Para fazer parte deste Programa as revistas devem cumprir com critérios de qualidade, definidos por uma Comissão de Credenciamento, formada por professores e bibliotecários, e pautados em padrões internacionais. Atualmente 62 publicações estão credenciadas neste Programa.

Effects of the administration of pentoxifylline and prednisolone on the evolution of portal fibrogenesis secondary to biliary obstruction in growing animals: immunohistochemical analysis of the expression of TGF-BETA; and VEGF

OBJECTIVE: During the neonatal and infancy periods, some chronic liver diseases may lead to progressive hepatic fibrosis, which is a condition that can ultimately result in the loss of organ function and severe portal hypertension necessitating hepatic transplantation. In a previous report, pharmacological interventions were demonstrated to modulate hepatic fibrosis induced by bile duct ligation in young rats. The administration of pentoxifylline or prednisolone, or the combination of both, resulted in reduced fibrogenesis in portal spaces. The objectives of the present study were to evaluate the expression of transforming growth factor beta and vascular endothelial growth factor after bile duct ligation in young rats and to assess the effect of those same drugs on cytokine expression. METHODS: In this experimental study, 80 young rats (21 or 22 days old) were submitted either to laparotomy and common bile duct ligation or to sham surgery. The animals were allocated into four groups according to surgical procedure, and the following treatments were administered: (1) common bile duct ligation + distilled water, (2) sham surgery + distilled water, (3) common bile duct ligation + pentoxifylline, or (4) common bile duct ligation + prednisolone. After 30 days, a hepatic fragment was collected from each animal for immunohistochemical analysis using monoclonal antibodies against transforming growth factor beta and vascular endothelial growth factor. Digital morphometric and statistical analyses were performed. RESULTS: The administration of pentoxifylline reduced the transforming growth factor beta-marked area and the amount of transforming growth factor beta expressed in liver tissue. This effect was not observed after the administration of prednisolone. There was a significant reduction in vascular endothelial growth factor expression after the administration of either drug compared with the non-treatment group. CONCLUSIONS: The administration of pentoxifylline to cholestatic young rats resulted in the diminished expression of transforming growth factor beta and vascular endothelial growth factor in liver tissue. The administration of steroids resulted in the diminished expression of vascular endothelial growth factor only. These pathways may be involved in hepatic fibrogenesis in young rats submitted to bile duct ligation and exposed to pentoxifylline or prednisolone.

Análise dos títulos de periódicos recebidos pela biblioteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo da Universidade de São Paulo em comparação com os registros cadastrados no catálogo bibliográfico dedalus da universidade de São Paulo

Este trabalho relata a experiência e os procedimentos adotados em um processo de análise e identificação dos títulos de periódicos recebidos pela Biblioteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo da Universidade de São Paulo, desde sua criação. Para a coleta de dados foram utilizadas as informações dos registros bibliográficos no Módulo de Catalogação no Banco de Dados Bibliográficos – DEDALUS Aleph 500 Versão 18.1 da Universidade de São Paulo, seguindo alguns critérios pré-estabelecidos. Conclui-se que, apesar dos problemas detectados serem pouco relevantes em relação ao acervo analisado, deve-se manter um estudo comparativo entre a necessidade do usuário e a coleção disponível na Biblioteca, para que os periódicos atendam às necessidades de informação de seus usuários.

AVALIAÇÃO DAS COLEÇÕES DE PERIÓDICOS RECEBIDOS CORRENTEMENTE POR DOAÇÃO E PERMUTA, EM UMA BIBLIOTECA ESPECIALIZADA EM MEDICINA TROPICAL

Considerando-se a importância de se fazer conhecer as permutas e as doações recebidas pela Biblioteca do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, definiu-se como universo de pesquisa a avaliação das coleções de periódicos nacionais e internacionais, recebidas correntemente, e incorporadas ao acervo. Verificou-se, através dessas coleções, que o acervo possui uma boa representatividade das necessidades de informação da comunidade, mesmo sendo uma Biblioteca Especializada em Medicina Tropical. Identificou- se, dentre os periódicos recebidos, o número de doações e permutas, os assuntos predominantes, a procedência, o fator de impacto e as indexações. Procurou-se, também, conhecer a opinião dos usuários, quanto a seu interesse em relação aos títulos recebidos. 1

EndNote Web: capacitação de bibliotecários do SIBiUSP

Introdução: O EndNote Web é um gerenciador de referências bibliográficas que permite o armazenamento e a organização de referências obtidas nas buscas em bases de dados, permitindo também a inclusão automática de citações e referências durante a elaboração de um texto e a mudança para diversos estilos de normalização. Aproveitando a experiência de algumas bibliotecas na capacitação para o uso do EndNote Web, o Sistema Integrado de Bibliotecas da USP (SIBiUSP) formou um grupo com a finalidade de: capacitar as equipes bibliotecárias das demais unidades interessadas em oferecer o produto aos seus usuários; e elaborar um manual e tutorial de uso do software como ferramenta de apoio. Material e métodos: Principais atividades executadas: a) Identificação das principais Bases de Dados de periódicos utilizadas pelas bibliotecas do SIBiUSP; b) Leitura e análise de manuais e tutoriais do software; c) Elaboração de plano para treinamento a ser oferecido às equipes bibliotecárias, considerando a participação de profissionais das áreas de Biológicas, Humanas e Exatas; d) Definição de conteúdo e elaboração de manual e tutorial. Resultados e Discussão: Foram capacitados 40 profissionais de várias unidades da USP e publicado na página do SIBiUSP um manual contendo todas as funcionalidades e recursos do software, com instruções para todas as bases de dados disponíveis pela USP e CAPES, além das principais bases de acesso livre. A capacitação para o uso do EndNote Web pelas bibliotecas da USP contribui para a competência informacional de seus usuários. Conclusões: A capacitação das equipes bibliotecárias do SIBiUSP possibilitou às bibliotecas do Sistema a oportunidade de oferecer a seus usuários treinamento no uso do EndNote Web, disseminando uma ferramenta que auxilia o pesquisador (docente, pós-graduando, graduando etc.) na elaboração de seus trabalhos científicos e acadêmicos.

Periódicos de Ciência da Informação nas bases de dados internacionais

PO artigo demonstra as interações entre algumas bases de dados internacionais na disponibilização de periódicos da área de Ciência da Informação. Para isso, foram investigadas seis bases de dados com acesso a texto completo dentro da área de Ciência da Informação. Foram elas: Web of Science, Scopus, Library, Information Science & Technology Abstracts, Information Science & Technology Abstracts, Library Literature Information Science – full text e Library Information Science Abstract. No desenvolvimento da pesquisa foram utilizados conceitos, princípios e equações da ‘teoria ingênua dos conjuntos’, o que permitiu observar as bases de dados como conjuntos compostos por elementos, aqui considerados os títulos de periódicos, bem como conferir consistência aos resultados. A análise dos dados foi dividida em três etapas, a saber: a) a primeira priorizou o cruzamento entre as duas maiores bases de dados utilizadas para levantamento bibliográfico (Web of Science e Scopus), seguido do cruzamento com a mais utilizada na Ciência da Informação, a Library and Information Science Abstracts; b) a segunda etapa tratou somente do cruzamento das bases especialistas da área; c) a terceira e última etapa tratou da interseção de todas as bases de dados do estudo. O resultado mostra que 10 títulos de periódicos constituem a interseção dos seis conjuntos de bases de dados. Foi possível identificar, também, o número de periódicos disponibilizados exclusivamente por uma base de dados, demonstrando que as necessidades de pesquisas bibliográficas exaustivas passam, obrigatoriamente, pelo levantamento em todas as bases de dados aqui elencadas.

Portal de Busca Integrada

O SIBiUSP lançou em março de 2012 uma nova ferramenta de busca de conteúdos acadêmicos/científicos, o nome dado foi Portal de Busca Integrada. Esta ferramenta pertence à uma categoria de softwares intitulada de “Web Scale Discovery”, que permitem a integração de diversas e dispersas fontes de dados em uma única interface de busca e entrega de resultados. Dessa forma, apresentam-se aqui os processos de seleção e implantação desta solução.

Por que publicar em periódicos nacionais?

A relutância dos autores brasileiros em publicar em revistas brasileiras é histórica e não mais se justifica. Atualmente, vários periódicos brasileiros estão indexados em bases internacionais, cujas versões em inglês permitem a divulgação de nossos estudos a países estrangeiros. Os autores expressam seu ponto de vista quanto à importância da publicação em revistas brasileiras e citam o exemplo do impacto das publicações do Instituto do Coração - InCor- HC-FMUSP nos últimos dois anos.

Tabagismo: o que tem sido abordado em periódicos brasileiros

O tema tabagismo, em seus vários aspectos, vem recebendo crescente atenção entre os pesquisadores ao longo dos últimos anos, o que tem se refletido em maior e mais sólida produção científica sobre o assunto em periódicos nacionais. Este artigo tem como objetivo comentar os estudos que abordaram o tema tabagismo publicados entre janeiro de 2010 e junho de 2012, nas revistas Arquivos Brasileiros de Cardiologia, Brazilian Journal of Medical and Biological Research, Clinics (São Paulo), Jornal Brasileiro de Pneumologia, Revista da Associação Médica Brasileira e Revista Brasileira de Cirurgia Cardiovascular. No período foram publicados 58 artigos, 52 originais, abordando variados aspectos, como efeitos na saúde, epidemiologia, cessação e estudos experimentais.

Avaliação de resultados da capacitação via estágios pós-doutorais: breves notas sobre a produção científica em periódicos

A pesquisa teve como objetivo avaliar a influência do estágio pós-doutoral sobre a produção científica, notadamente das hard sciences de docentes atuantes em programas de pós-graduação da Universidade de São Paulo (USP). O estudo busca a mensuração de variações da produção registrada em periódicos científicos em um panorama ex ante e ex post e encontra-se circunscrito nessas quatro grandes áreas do conhecimento: Biológicas, Engenharias, Exatas e da Terra e Saúde. O pós-doutorado pode ser visualizado como um local privilegiado para a complementaridade da capacitação docente enquanto forma de atualização e/ou reciclagem profissional, com a lógica embutida e a expectativa de que haja benefícios, também, para o programa de pós-graduação de origem. Como toda atividade de pesquisa não pode ficar implícita, as atividades de pesquisa do pós-doutorado, também, necessitam ser tornadas públicas via conhecimento externalizado que se traduz no conhecimento cristalizado sob a forma de publicações científicas que são compartilhadas pela comunidade acadêmica. Com uma população de 86 doutores que realizaram pósdoutorado até junho de 2005, os dados levantados com o confronto da produção em Ciência e Tecnologia (C&T), antes e depois do treinamento pós-doutoral apontam para um comportamento de variação da produtividade em mídia qualificada cujo resultado demonstra uma "homogeneização" relativa entre publicações registradas em periódicos Qualis 'B' e 'C', nacionais e/ou internacionais, mas sugere haver diferenças no que tange a uma influência sobre o aumento de publicações em revistas Internacionais Qualis 'A' possuindo influência positiva mais visível sobre essa produção para estágios realizados no Exterior, nas grandes áreas do conhecimento investigadas.

Effects of the administration of pentoxifylline and prednisolone on the evolution of portal fibrogenesis secondary to biliary obstruction in growing animals: immunohistochemical analysis of the expression of TGF-β and VEGF

OBJECTIVE: During the neonatal and infancy periods, some chronic liver diseases may lead to progressive hepatic fibrosis, which is a condition that can ultimately result in the loss of organ function and severe portal hypertension necessitating hepatic transplantation. In a previous report, pharmacological interventions were demonstrated to modulate hepatic fibrosis induced by bile duct ligation in young rats. The administration of pentoxifylline or prednisolone, or the combination of both, resulted in reduced fibrogenesis in portal spaces. The objectives of the present study were to evaluate the expression of transforming growth factor β and vascular endothelial growth factor after bile duct ligation in young rats and to assess the effect of those same drugs on cytokine expression. METHODS: In this experimental study, 80 young rats (21 or 22 days old) were submitted either to laparotomy and common bile duct ligation or to sham surgery. The animals were allocated into four groups according to surgical procedure, and the following treatments were administered: (1) common bile duct ligation + distilled water, (2) sham surgery + distilled water, (3) common bile duct ligation + pentoxifylline, or (4) common bile duct ligation + prednisolone. After 30 days, a hepatic fragment was collected from each animal for immunohistochemical analysis using monoclonal antibodies against transforming growth factor β and vascular endothelial growth factor. Digital morphometric and statistical analyses were performed. RESULTS: The administration of pentoxifylline reduced the transforming growth factor β-marked area and the amount of transforming growth factor β expressed in liver tissue. This effect was not observed after the administration of prednisolone. There was a significant reduction in vascular endothelial growth factor expression after the administration of either drug compared with the non-treatment group. CONCLUSIONS: The administration of pentoxifylline to cholestatic young rats resulted in the diminished expression of transforming growth factor β and vascular endothelial growth factor in liver tissue. The administration of steroids resulted in the diminished expression of vascular endothelial growth factor only. These pathways may be involved in hepatic fibrogenesis in young rats submitted to bile duct ligation and exposed to pentoxifylline or prednisolone.